Aún no estaba aprobado el Plan General de Ordenación Urbana de la ciudad de Valencia, pero existían diversos Planes Parciales en los que quedaban especificados el destino de las distintas parcelas. En el Plan Parcial de la zona sureste de Benimaclet se encontraba un barrio denominado Santa Ana, compuesto por una decena de casas, y en el citado Plan Parcial se contemplaba su desaparición para destinarlo a escolar.

La Coordinadora Pro-Instituto eligió dicha parcela para reivindicar la construcción del Instituto, y a comienzos de la primavera de 1987 se llevó a cabo una gran manifestación, en la que participaron más de 1000 personas, que recorrió el barrio hasta llegar a la parcela en cuestión.

Tras muchas reuniones con la Administración Municipal y Autonómica, así como encierros, recogidas de firmas, concentraciones, etc. se lograron salvar los muchos trámites burocráticos que fueron surgiendo: expropiación de otra pequeña parcela para poder llegar a los 10.000 m2 exigibles en aquel momento, desvío de la acequia de Mestalla, etc. A pesar de ello, la terminación de la obra se eternizaba, y no fue hasta el curso 1991 – 1992 cuando se puso en funcionamiento el tan necesitado Instituto.

Antes de su inauguración, la Coordinadora propuso que el nuevo Instituto llevara el nombre del gran pedagogo libertario del siglo XIX, Francesc Ferrer i Guardia.